Коутиньо начал свою карьеру в Интернационале. В 2008 году его отдали в аренду в бразильский Васко да Гама, а в 2012 в Эспаньол. Через год Коутиньо подписал контракт с Ливерпулем. В 2018 Филиппе стал игроком Барселоны.
Клубная карьера:
2008—2013 Интернационале
2008—2010 Васко да Гама
2012 Эспаньол
2013—2018 Ливерпуль
2018—н. в. Барселона