Халилович начал свою карьеру в Динамо Загреб. Через 3 года скауты Барселоны заметили его, и купили. В 2016 году Халилович перешел в Гамбург, а в 2018 в Милан, где играет и по сей день.
Клубная карьера:
2012—2015 Динамо (Загреб)
2015—2016 Барселона
2016—2018 Гамбург
2018—н.в. Милан